La feina desenvolupada per l'ICO es basa principalment en establir programes de seguiment de ornitofauna que permetin obtenir dades de qualitat sobre la biologia i dinàmica de les poblacions d'ocells.

Aquesta tasca però, seria estèril si les dades obtingudes no fossin tractades de manera que pugessin contestar de manera estructurada a preguntes concretes d'interès teòric i aplicat.

Tots aquests resultats es plasmen en forma de publicacions científiques i/o informes. Aquesta activitat científica es desenvolupa freqüentment en col·laboració amb investigadors d'altres institucions científiques de prestigi tant a nivell nacional com internacional.

L'ICO ha establert un conjunt de línies preferents de recerca en la seva activitat investigadora sobre Recerca fonamental i Recerca  aplicada.