L’Assemblea General Ordinària de l’Institut Català d’Ornitologia és la trobada anual que realitzen els socis de l’associació per tractar dels aspectes fonamentals del seu funcionament, com ara els reglaments interns o els plans estratègics. Es convoca a principis de la primavera, cada any en una localitat diferent de Catalunya. Cada tres anys l’Assemblea General Ordinària renova els càrrecs de la Junta Directiva de l’entitat.
Per a la discussió de temes específics de vegades es poden convocar assemblees extraordinàries amb l’objectiu d’aprofundir-hi amb més temps dels que hi ha en una d’ordinària.